Abrimos una terminal. Primero nos instalamos el ffmpeg:
sudo apt-get install ffmpeg
Vamos al directorio donde este el archivo .mp4 y ejecutamos este comando:
ffmpeg -i archivo.mp4 -vcodec mpeg4 -acodec ac3 -ar 48000 -ab 192k archivofinal.avi
Existe otra forma con interfaz gráfica y que nos permite hacer varios archivos de una vez.
Con la herramienta FF Multi Converter:
Antes de instalar la herramienta, necesitamos instalar unas dependencias:
sudo apt-get install python-qt4 ffmpeg unoconv
Ahora ya podemos instalar FF Multi Converter con estos comandos:
sudo add-apt-repository ppa:ffmulticonverter/stable
sudo apt-get update
sudo apt-get install ffmulticonverter
Podéis poner multi en "inicio" o "dash" para encontrar la herramienta.
Espero que os sea de utilidad.
Fuente: UpUbuntu