Usando MEncoder:
Instalar MEncoder si no lo tenemos ya instalado
sudo apt-get install mencoder
Con la siguiente sentencia videomal.avi es el archivo de vídeo a reparar y video_arreglado.avi es el archivo con el índice corregido.
mencoder -idx videomal.avi -ovc copy -oac copy -o video_arreglado.avi
La otra forma es con un programa que se llama Divfix++:
Fuente: BlogJorgeIvanMeza

